Nýtt vopn fyrir berklagreiningu og lyfjaþolsgreiningu: Ný kynslóð markbundinnar raðgreiningar (tNGS) ásamt vélanámi fyrir berklaofnæmisgreiningu
Bókmenntaskýrsla: CCa: greiningarlíkan byggt á tNGS og vélanámi, sem hentar fólki með minna bakteríuberkla og berkla heilahimnubólgu.
Heiti ritgerðar: Berklamiðuð næstu kynslóðar raðgreining og vélanám: afar næm greiningaraðferð fyrir lungnapípla og heilahimnubólgu.
Tímarit: 《Clinica Chimica Acta》
EF: 6.5
Útgáfudagur: janúar 2024
Ásamt háskóla kínversku vísindaakademíunnar og Beijing Chest Hospital of Capital Medical University, stofnaði Macro & Micro-Test berklagreiningarlíkan sem byggist á nýrri kynslóð markbundinnar raðgreiningar (tNGS) tækni og vélanámsaðferða, sem veitti ofurháa greiningarnæmi fyrir berklum með fáum bakteríum og berkla heilahimnubólgu, útvegaði nýja ofnæmisgreiningaraðferð til klínískrar greiningar á tvenns konar berklum og hjálpaði til við nákvæma greiningu, uppgötvun lyfjaþols og meðferð berkla.Jafnframt kemur í ljós að cfDNA í blóðvökva sjúklings er hægt að nota sem hentuga sýnategund til klínískrar sýnatöku við greiningu á TBM.
Í þessari rannsókn voru 227 plasmasýni og sýni úr heila- og mænuvökva notuð til að koma á tveimur klínískum árgangum, þar sem rannsóknarstofugreiningarhópssýnin voru notuð til að koma á vélanámslíkani berklagreiningar, og klínísk greiningarhópssýni voru notuð til að sannreyna staðfest greiningarlíkan.Öll sýnin voru fyrst miðuð af sérhönnuðum markvissa fangarannsóknarhópi fyrir Mycobacterium tuberculosis.Síðan, byggt á TB-tNGS raðgreiningargögnum, er ákvörðunartréslíkanið notað til að framkvæma 5-falda krossgildingu á þjálfunar- og staðfestingarsettum greiningarröðarinnar á rannsóknarstofu, og greiningarþröskuldar plasmasýna og sýni úr heila- og mænuvökva eru fengnar.Þröskuldurinn sem fæst er færður í tvö prófunarsett af klínískri greiningarröð til uppgötvunar og greiningarárangur nemandans er metinn með ROC kúrfu.Að lokum var fengið greiningarlíkan berkla.
Mynd 1 skýringarmynd af rannsóknarhönnun
Niðurstöður: Samkvæmt sérstökum viðmiðunarmörkum CSF DNA sýnis (AUC = 0,974) og plasma cfDNA sýnis (AUC = 0,908) sem ákvarðað var í þessari rannsókn, meðal 227 sýna, var næmi CSF sýnis 97,01%, sérhæfni var 95,65% og næmi og sértækni plasmasýnis var 82,61% og 86,36%.Í greiningu á 44 pöruðum sýnum af plasma cfDNA og heila- og mænuvökva DNA frá TBM sjúklingum, hefur greiningaraðferð þessarar rannsóknar mikla samkvæmni 90,91% (40/44) í plasma cfDNA og heila- og mænuvökva DNA, og næmið er 95,45% (42/44).Hjá börnum með lungnaberkla er greiningaraðferð þessarar rannsóknar næmari fyrir plasmasýnum en Xpert greiningarniðurstöður magasafasýna frá sömu sjúklingum (28,57% VS 15,38%).
Mynd 2 Greining árangur berklagreiningarlíkans fyrir íbúasýni
Mynd 3 Greiningarniðurstöður pöruðra sýna
Ályktun: Í þessari rannsókn var komið á fót ofnæmri greiningaraðferð fyrir berkla, sem getur veitt greiningartæki með hæsta greiningarnæmi fyrir klíníska sjúklinga með fákeppnisberkla (neikvæð ræktun).Greining á ofnæmum berklum á grundvelli cfDNA í plasma getur verið hentug sýnistegund til greiningar á virkum berklum og berkla heilahimnubólgu (plasmasýni er auðveldara að safna en heila- og mænuvökvi fyrir sjúklinga sem grunaðir eru um heilaberkla).
Upprunalegur hlekkur: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?í gegnum%3Dihub
Stutt kynning á Macro & Micro-Test berklaprófunarvörum
Í ljósi flókinnar sýnatökuaðstæður berklasjúklinga og margvíslegra þarfa, býður Macro & Micro-Test upp á heildarsett af NGS lausnum fyrir vökvaútdrátt úr hrákasýnum, byggingu Qualcomm bókasafns og raðgreiningu og gagnagreiningu.Vörurnar ná yfir hraðgreiningu berklasjúklinga, lyfjaónæmisgreiningu berkla, vélritun á mycobacterium tuberculosis og NTM, ofnæmisgreiningu á bakteríuneikvæðum berkla og berklafólki o.fl.
Raðgreiningarsett fyrir berkla og sveppabakteríur:
| hlutur númer | vöru Nafn | innihald vöruprófunar | gerð sýnis | viðeigandi fyrirmynd |
| HWTS-3012 | Sýnalausn | Notað við vökvameðferð á hrákasýnum, hefur fengið fyrsta flokks metnúmer, Sutong Machinery Equipment 20230047. | hráki | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm magngreiningarsett fyrir ofnæma berkla (rannsóknaraðferð) | Óífarandi (fljótandi vefjasýni) ofnæmisgreining fyrir bakteríuneikvæðum lungnaberklum og heilahnúðum;Sýnin af fólki sem grunur leikur á að sé sýkt af berkla eða berkla sveppabakteríum voru greind með mikilli raðgreiningu, og greiningarupplýsingar um hvort berklar eða ekki berkla sveppabakteríur væru sýktar og helstu fyrstu lyfjaónæmisupplýsingarnar um mycobacterium tuberculosis voru veittar. | Útlægt blóð, lungnablöðruskolunarvökvi, vatnsbrjósthol og ascites, fókusstungusýni, heila- og mænuvökvi. | Önnur kynslóð |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium flokkun og lyfjaþolsgreiningarsett (multiplex mögnunarröðunaraðferð) | Mycobacterium vélritunarpróf, þar á meðal MTBC og 187 NTM；Lyfjaónæmisgreining á Mycobacterium tuberculosis nær yfir 13 lyf og 16 kjarnastökkbreytinga á lyfjaónæmisgenum. | Hráki, lungnablöðruskolunarvökvi, brjósthol og ascites, fókusstungusýni, heila- og mænuvökvi. | Önnur/þriðja kynslóð tvöfaldur pallur |
Hápunktar: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium vélritun og lyfjaþolsgreiningarsett (multiplex mögnunaraðferð)
Vörukynning
Varan er byggð á helstu fyrstu og annarri línu lyfjum sem lýst er í leiðbeiningum WHO um berklameðferð, makrólíðum og amínóglýkósíðum sem almennt eru notuð í NTM meðferðarleiðbeiningum, og lyfjaónæmissvæðin ná yfir allan einn hóp lyfjaónæmistengdra staða í WHO Mycobacterium tuberculosis flókin stökkbreytingaskrá, svo og önnur tilkynnt lyfjaónæmisgen og stökkbreytingarstaðir samkvæmt rannsóknum og tölfræði háttsettra bókmennta heima og erlendis.
Vélritunarauðkenning er byggð á NTM stofnunum sem teknir eru saman í NTM leiðbeiningunum sem gefnar eru út af Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases og samstöðu sérfræðinga.Hönnuðu vélritunarprimerarnir geta magnað, raðað og merkt meira en 190 NTM tegundir.
Með markvissri multiplex PCR mögnunartækni voru arfgerðargenin og lyfjaónæm gen Mycobacterium mögnuð upp með multiplex PCR, og amplicon samsetning markgenanna sem greina á var fengin.Hægt er að búa til mögnuðu afurðirnar í aðra kynslóð eða þriðju kynslóðar raðgreiningarsöfn með mikilli afköstum, og alla aðra kynslóð og þriðju kynslóðar raðgreiningarpalla er hægt að sæta mikilli raðgreiningu til að fá raðupplýsingar markgena.Með því að bera saman við þekktar stökkbreytingar sem er að finna í innbyggða viðmiðunargagnagrunninum (þar á meðal WHO Mycobacterium tuberculosis flóknu stökkbreytingaskrána og tengsl hans við lyfjaónæmi) voru stökkbreytingar sem tengdust lyfjaónæmi eða næmi berklalyfja ákvarðaðar.Ásamt sjálfopnuðu hrákasýnameðferðarlausn Macro & Micro-Test, var vandamálið með lítilli kjarnsýrumögnunarvirkni klínískra hrákasýna (tíu sinnum hærra en hefðbundinna aðferða) leyst, þannig að hægt er að greina lyfjaónæmi raðgreiningu. beint á klínísk hrákasýni.
Vörugreiningarsvið
34lyfjaónæmistengd gen af18berklalyf og6NTM lyf fundust, þekja297lyfjaþolsstaðir;Tíu tegundir af Mycobacterium tuberculosis og fleiri en190tegundir NTM fundust.
Tafla 1: Upplýsingar um 18+6 lyf +190+NTM
Vöru kostur
Sterk klínísk aðlögunarhæfni: hægt er að greina hrákasýnin beint með sjálfvökvaefni án ræktunar.
Tilraunaaðgerðin er einföld: Fyrsta lotan af mögnunaraðgerðum er einföld og byggingu bókasafnsins er lokið á 3 klukkustundum, sem bætir vinnuskilvirkni.
Alhliða vélritun og lyfjaónæmi: nær yfir vélritunar- og lyfjaónæmissvæði MTB og NTM, sem eru lykilatriði klínískra áhyggjuefna, nákvæm vélritun og lyfjaþolsgreining, styður óháðan greiningarhugbúnað og útbúið greiningarskýrslur með einum smelli.
Samhæfni: vörusamhæfi, aðlögun að almennum ILM og MGI/ONT kerfum.
Vörulýsing
| Vörukóði | vöru Nafn | Uppgötvunarvettvangur | forskriftir |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium flokkun og lyfjaþolsgreiningarsett (multiplex mögnunaraðferð) | ONT、Illumina、MGI、 Salus pro | 16/96rxn |
Birtingartími: 23-jan-2024