Nýtt vopn til greiningar á berklum og lyfjaónæmi: Ný kynslóð markvissrar raðgreiningar (tNGS) ásamt vélanámi til greiningar á ofnæmi fyrir berklum.
Heimildaskýrsla: CCa: greiningarlíkan byggt á tNGS og vélanámi, sem hentar fólki með minna af bakteríuberklum og berklaheilahimnubólgu.
Titill ritgerðar: Raðgreining næstu kynslóðar og vélanám sem miðar að berklum: afar næm greiningaraðferð fyrir takmarkaðar lungnapípur og pípulaga heilahimnubólgu.
Tímarit: 《Clinica Chimica Acta》
EF: 6,5
Útgáfudagur: janúar 2024
Í samstarfi við Háskólann í Kínversku vísindaakademíuna og Peking Chest Hospital of Capital Medical University þróaði Macro & Micro-Test greiningarlíkan fyrir berkla sem byggir á nýrri kynslóð markvissrar raðgreiningartækni (tNGS) og vélanámsaðferð, sem veitir afar mikla næmi fyrir berklum með fáum bakteríum og heilahimnubólgu af völdum berkla, býður upp á nýja aðferð til greiningar á ofnæmi fyrir klínískri greiningu á tveimur gerðum berkla og auðveldar nákvæma greiningu, greiningu lyfjaónæmis og meðferð berkla. Jafnframt hefur komið í ljós að plasma cfDNA sjúklingsins getur verið hentugt sýni fyrir klíníska sýnatöku við greiningu berklasjúkdóma.
Í þessari rannsókn voru 227 plasmasýni og heila- og mænuvökvasýni notuð til að koma á fót tveimur klínískum hópum, þar sem greiningarhópasýni úr rannsóknarstofu voru notuð til að koma á fót vélanámslíkani fyrir berklagreiningu, og klínísku greiningarhópasýnin voru notuð til að staðfesta greiningarlíkanið. Öll sýnin voru fyrst skoðuð með sérhönnuðum, markvissum gagnagrunni fyrir Mycobacterium tuberculosis. Síðan, byggt á TB-tNGS raðgreiningargögnum, er ákvörðunartréslíkanið notað til að framkvæma fimmfalda krossprófun á þjálfunar- og prófunarsettum greiningarraðarinnar í rannsóknarstofu, og greiningarþröskuldar plasmasýna og heila- og mænuvökvasýna eru fengin. Fengnu þröskuldinum er komið fyrir í tveimur prófunarsettum klínískrar greiningarraðar til greiningar, og greiningargeta nemandans er metin með ROC-kúrfu. Að lokum var greiningarlíkan fyrir berkla fengið.
Mynd 1 skýringarmynd af rannsóknarsniðinu
Niðurstöður: Samkvæmt sértækum þröskuldum fyrir DNA-sýni úr heila- og mænuvökva (AUC = 0,974) og plasma-cfDNA-sýni (AUC = 0,908) sem ákvarðaðir voru í þessari rannsókn, var næmi CF-sýnisins 97,01%, sértæknin 95,65% og næmi og sértækni plasmasýnisins voru 82,61% og 86,36%. Í greiningu á 44 pöruðum sýnum af plasma-cfDNA og DNA úr heila- og mænuvökva frá sjúklingum með berklasjúkdóm, var greiningaraðferð þessarar rannsóknar mjög stöðug, 90,91% (40/44), í plasma-cfDNA og DNA úr heila- og mænuvökva, og næmið 95,45% (42/44). Hjá börnum með lungnaberkla er greiningaraðferð þessarar rannsóknar næmari fyrir plasmasýnum en niðurstöður Xpert-greiningar á magasýnum frá sömu sjúklingum (28,57% á móti 15,38%).
Mynd 2 Greiningarárangur berklagreiningarlíkans fyrir íbúasýni
Mynd 3 Greiningarniðurstöður paraðra sýna
Niðurstaða: Í þessari rannsókn var komið á fót ofurnæmri greiningaraðferð fyrir berkla, sem getur veitt greiningartól með hæstu greiningarnæmi fyrir klíníska sjúklinga með oligobacillary tuberculosis (neikvæð ræktun). Greining ofurnæmra berkla byggð á plasma cfDNA gæti verið hentug sýnishorn til greiningar á virkum berklum og berklaheilahimnubólgu (plasmasýni eru auðveldari í söfnun en heila- og mænuvökvasýni fyrir sjúklinga sem grunaðir eru um heilaberkla).
Upprunalegur tengill: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? í gegnum%3Dihub
Stutt kynning á Macro & Micro-Test berklagreiningarvörum
Í ljósi flókinnar sýnatöku berklasjúklinga og mismunandi þarfa býður Macro & Micro-Test upp á heildarlausnir fyrir NGS-greiningu úr hrákasýnum, smíði og raðgreiningu á Qualcomm-bókasafni og gagnagreiningu. Vörurnar ná yfir hraðgreiningu berklasjúklinga, greiningu lyfjaónæmis gegn berklum, tegundun berklabaktería og NTM, ofnæmisgreiningu á bakteríuneikvæðum berklum og berklum hjá fólki með berkla, o.s.frv.
Raðgreiningarbúnaður fyrir berkla og mýkóbakteríur:
| Vörunúmer | vöruheiti | efni til vöruprófunar | sýnishornsgerð | viðeigandi fyrirmynd |
| HWTS-3012 | Sýnishornslosunarefni | Notað við fljótandi meðhöndlun hrákasýna, hefur fengið fyrsta flokks skráningarnúmer, Sutong Machinery Equipment 20230047. | hráki | |
| HWTS-NGS-P00021 | Magngreiningarbúnaður Qualcomm fyrir ofnæmi fyrir berklum (aðferð til að fanga mælikvarða) | Óinngripsgreining (vökvasýnataka) á ofnæmi fyrir bakteríuneikvæðum lungnaberklum og heilahnútum; Sýni frá fólki sem grunur leikur á að sé smitað af berklum eða öðrum berklatengdum mýkóbakteríum voru greind með ítarlegri raðgreiningu á erfðaefni og upplýsingar um greiningu á hvort berklatengdar eða aðrar berklatengdar mýkóbakteríur voru smitaðar og helstu upplýsingar um fyrstu línu lyfjaónæmi gegn mýkóbakteríunni berklum voru veittar. | Útlægt blóð, lungnablöðruskolunarvökvi, vatnsbrjóst og kviðarholsvökvi, brennisteinssýni, heila- og mænuvökvi. | Önnur kynslóð |
| HWTS-NGS-T001 | Set fyrir greiningu á Mycobacterium tegundun og lyfjaónæmi (raðgreiningaraðferð fyrir margfeldismagnun) | Mycobacterium tegundarpróf, þar á meðal MTBC og 187 NTM；Greining lyfjaónæmis gegn Mycobacterium tuberculosis nær yfir 13 lyf og 16 kjarna stökkbreytingastaði lyfjaónæmisgena. | Slím, lungnablöðruskolun, vatnsbrjóst og kviðarholsvökvi, brennslusýni, heila- og mænuvökvi. | Önnur/þriðja kynslóð tvöfaldur pallur |
Helstu atriði: HWTS-NGS-T001 Prófunarbúnaður fyrir tegundun Mycobacterium og lyfjaónæmi (fjölþátta mögnunaraðferð)
Kynning á vöru
Varan byggir á helstu lyfjum í fyrsta og öðru lagi sem lýst er í leiðbeiningum Alþjóðaheilbrigðismálastofnunarinnar um berklameðferð, makrólíðum og amínóglýkósíðum sem almennt eru notaðar í leiðbeiningum um NTM-meðferð, og lyfjaónæmisstaðirnir ná yfir alla hópa lyfjaónæmistengdra staða í stökkbreytingaskrá Alþjóðaheilbrigðismálastofnunarinnar um Mycobacterium tuberculosis flókið, sem og önnur tilkynnt lyfjaónæmisgen og stökkbreytingarstaðir samkvæmt rannsóknum og tölfræði úr háskoruðum heimildum innanlands og erlendis.
Greiningargreining byggist á NTM stofnum sem teknir eru saman í NTM leiðbeiningunum sem gefnar eru út af Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases og á samstöðu sérfræðinga. Hannaðir greiningarpraimerar geta magnað, raðgreint og skýrt meira en 190 NTM tegundir.
Með markvissri fjölþættri PCR mögnunartækni voru erfðagreiningargen og lyfjaónæm gen Mycobacterium magnað upp með fjölþættri PCR og amplikon samsetning markgena sem átti að greina fékkst. Magnuðu afurðirnar er hægt að smíða í annarrar eða þriðju kynslóðar háafköstar raðgreiningarbókasöfn og öll önnur og þriðju kynslóðar raðgreiningarpallar geta verið undir ítarlegri raðgreiningu til að fá upplýsingar um raðgreiningu markgenanna. Með því að bera saman við þekktar stökkbreytingar sem eru í innbyggðum viðmiðunargagnagrunni (þar á meðal stökkbreytingaskrá Alþjóðaheilbrigðismálastofnunarinnar Mycobacterium tuberculosis flókins og tengsl þess við lyfjaónæmi) voru stökkbreytingar sem tengjast lyfjaónæmi eða næmi fyrir berklalyfjum ákvarðaðar. Í samsetningu við sjálfopnaða hráksýnameðferðarlausn Macro & Micro-Test var vandamálið með lága kjarnsýrumögnunarvirkni klínískra hráksýna (tíu sinnum meiri en hefðbundnar aðferðir) leyst, þannig að hægt er að beita lyfjaónæmisgreiningu beint á klínísk hráksýni.
Vörugreiningarsvið
34gen sem tengjast lyfjaónæmi18lyf gegn berklum og6NTM lyf greindust, sem ná yfir297lyfjaónæmisstaðir; Tíu tegundir af Mycobacterium tuberculosis og meira en190Tegundir af NTM greindust.
Tafla 1: Upplýsingar um 18+6 lyf +190+NTM
Kostir vörunnar
Sterk klínísk aðlögunarhæfni: hægt er að greina hrákasýnin beint með sjálfvökvandi efni án ræktunar.
Tilraunaaðgerðin er einföld: fyrsta umferð mögnunaraðgerðarinnar er einföld og smíði bókasafnsins er lokið á 3 klukkustundum, sem bætir vinnuhagkvæmni.
Ítarleg greining á tegundun og lyfjaónæmi: fjallar um tegundunar- og lyfjaónæmisstaði MTB og NTM, sem eru lykilatriði klínískrar áhyggjuefna, nákvæma tegundunar- og lyfjaónæmisgreiningu, styður sjálfstæðan greiningarhugbúnað og býr til greiningarskýrslur með einum smelli.
Samhæfni: vörusamhæfni, aðlögun að almennum ILM og MGI/ONT kerfum.
Vörulýsing
| Vörukóði | vöruheiti | Greiningarpallur | forskriftir |
| HWTS-NGS-T001 | Prófunarbúnaður fyrir tegundun Mycobacterium og lyfjaónæmi (fjölþátta mögnunaraðferð) | ONT、Illumina、MGI、 Salus pro | 16/96rxn |
Birtingartími: 23. janúar 2024